اوضحت وزارة الصحة أن مطعوم انفلونزا الخنازير ، مثل اي علاج او مطعوم اخر ، يمكن ان يحدث مضاعفات مثل الحساسية الشديدة او اي اثار جانبية شديدة اخرى ولكنها نادرة جدا.وجاء في بيان صدر عن الوزارة الاربعاء ان المطعوم يحتوي على الفيروس المقتول ، ولذلك من المتوقع ان تكون الاثار الجانبية للمطعوم قليلة وتتشابه مع الاثار الجانبية لمطعوم الانفلونزا الموسمي. وبينت وزارة الصحة في بيانها ان الاثار الجانبية البسيطة لاخذ المطعوم هي احمرار ، ورم ، ألم في مكان التطعيم ، وجع رأس ، الام ، غثيان ، ارتفاع بسيط في درجة الحرارة ، تحدث مباشرة بعد التطعيم ، ويمكن ان تستمر لمدة يومين وتزول تلقائيا ، اما الاثار الشديدة فتتلخص في حساسية شديدة من المطعوم وتحدث بعد دقائق من اعطائه. كما دعت الوزارة ، في حال حدوث اي اثار جانبية غير متوقعة مثل ارتفاع درجة الحرارة او تغير في السلوك ، او حساسية مصحوبة بضيق في التنفس ، دوخة ، ضعف عام ، الى ابلاغ الطبيب فورا او ابلاغ الخط الساخن لمتابعة الاثار الجانبية.

اما موانع التطعيم ، بحسب الوزارة ، فهي لكل شخص لديه الحساسية الشديدة من البيض ، الحساسية الشديدة لمطعوم الانفلونزا الموسمي ، ارتفاع درجة الحرارة 38 او اكثر ، الاشخاص المصابون بملازمة (جيلان باريه) GBS ، الاشخاص الذين يعانون حاليا من امراض شديدة او متوسطة ، الاطفال دون 6 شهور من العمر. كما اوضح البيان انه يمكن اعطاء مطعوم انفلونزا الخنازير مع المطاعيم الاخرى في الجلسة نفسها مع ملاحظة عدم مزج المطاعيم في الابرة نفسها وانما اعطاء كل مطعوم بشكل منفصل وفي اماكن مختلفة من الجسم. ويستمر التطعيم لهذه الفئات حتى وصول الدفعة الثانية من المطعوم وعندها يتم التوسع في الفئة المستهدفة.